Fiaticorti vede la luce nel 2000 per volontà di un gruppo di ragazzi appartenenti al Progetto Giovani del Comune di Istrana (Treviso).
Il nome scelto per la manifestazione si riconduce a due spiegazioni: da un lato 'fiato corto' è l'effetto di uno sforzo fisico di breve durata (come sono brevi i corti), dall'altro, un film di durata massima 20 minuti può trasmettere allo spettatore emozioni forti, lasciandolo 'col fiato corto'.
Inizialmente fiaticorti era condensato in un'unica serata, quella delle premiazioni; dalla quarta edizione, invece, il format si arricchisce, portando la rassegna a svilupparsi nel corso di quattro tappe durante le quali vengono proposti i migliori lavori in corso.
Nel 2006 viene introdotta la sezione FiatiVeneti, per premiare i cortometraggi di autori veneti.
Nel 2011 è l'anno in cui lo storico direttore artistico Gianni Billio passa il testimone a Bartolo Ayroldi Sagarriga (direttore artistico), Andrea Grespan e Simone Perotto, ma anche l'edizione di svolta: il festival conosce una notevole la qualità dei film in concorso e un sensibile aumento dei partecipanti stranieri, provenienti soprattutto da Francia, Gran Bretagna, Romania, Spagna che porta la manifestazione a raggiungere un livello sempre più internazionale.
Ma l'identità del festival, che ricorda il cineforum degli anni Settanta, è sempre rimasta la stessa, fedele alla volontà di trasmettere la cultura e la passione per i cortometraggi, scegliendo di non affiancare eventi collaterali di diverso genere.